士认为对菲律宾实施殖民统治与之前西班牙的行为无异，代表人物像马克 吐温就认为美国本应将菲律宾人民从西班牙暴政中解救出来，建立一个遵从本地人民意志的民主政府，而不是屠杀手无寸铁的居民，掠夺属于他们的财产和资源。而保守派，则担心菲律宾庞大的人口基数——尤其是非白人人种——可能在并入美国后大量冲击传统欧洲后裔，同时其农产品大量输入也将影响到本土农民的生活状况。

并且，当菲律宾人意识到将西班牙人赶走的美国人计划继续骑在自己头上时，激烈的反抗不可避免。

美菲战争时期，美军对菲律宾村庄的扫荡、设立集中营、随意处决战俘和平民，各种反人类的手段一齐上阵，反动与残暴甚至还超过了过去长期统治菲律宾的西班牙人。菲律宾一方也毫不示弱，游击战令美国占领军疲于奔命，一旦抓住美军战俘，同样会施以激烈的报复手段，热带丛林部落常见的活埋、肢解还只是开胃菜，把头部以下掩埋后，撑开战俘口部倒入蜜糖令蚂蚁将其活活吞咬……

这些酷刑也让美国士兵恐惧不已，反过来又刺激了美国人的“三光”战略。