马里亚诺将军和刘亨赙将军顾全大局，选择了率领革命军队服从阿奎纳多的领导，继续和西班牙殖民军队作战。革命军斗志高涨，到8月底几乎解放了吕宋全岛，包围了马尼拉，9月就正式颁布了菲律宾共和国的宪法，阿奎纳多则再次窃取了菲律宾共和国首任总统的宝座。

但等到美西战争结束以后，美国与西班牙签订《巴黎和约》，从西班牙殖民者的手里又“接受”菲律宾群岛作为美国的殖民地，由于菲律宾人民和政府的抗拒，美国于1899年2月4日突然袭击马尼拉，美菲战争爆发。

在美军的诱降之下，阿奎纳多作为共和国首任总统却带头投降，致使革命军在一开始就处于严重的下风，不得不被动挨打，遭到了极为重大的损失，阿奎纳多自己则很快声称宣誓效忠美国，最终导致菲律宾独立战争完全失败，菲律宾共和国也被扼杀。

从那以后，阿奎纳多本人就在美国的殖民政府中享受着“名绅”的上流社会生活，1934年美国逐渐放松对菲律宾的殖民统治以后，他又在1935年当选为菲律宾自治政府的