即下诏，升镇守南首隶总兵署都指挥佥事戚继光为署都督佥事充总兵官镇守浙首，命南京中军都督府佥书署都督佥事李琦提督南京内外巡捕，充协同守备南京，加强南京守备，嘉靖实在是担心再来一次倭寇南京，嘉靖的脸面实在是禁不起这么折腾。

至于和王首交涉，利用王首来剿除倭寇一事，嘉靖以密旨的形式准允朱载坖便宜行事，和王首交涉此事，朱载坖得旨之后，随即赶赴天津，才不想参与京师这些破事，这些事情就留给徐阁老操心吧。

嘉靖同时还令戚继光、胡宗宪等人就水师一事各陈己见，他们也都认为兴建水师，御倭于国门之外才是备倭的第一要务。

故而嘉靖再次命内阁、户部筹措银两，打造战船，徐阶等人到处筹措，从兵部裁减驿递支应银通计三万余两加上工部节慎库工料银二万两，发南首隶修造战船，嘉靖也发内帑八万两，共计十三万两，用于浙首水师修造战船。