保障后勤，同时严令御史不得干预军机，御史职权仅限于清军，稽核军功、军饷，临敌决断由总兵官一言以决。

当然戚继光对于朱载坖也是提了不少要求的，神机营中也有不少勋臣子弟，戚继光担心镇不住他们，所以朱载坖特赐天子剑，还派遣锦衣卫监军，执掌军法，加重戚继光的权威，同时为了尽快提升神机营的战斗力，戚继光还要求从浙兵中抽调部分军官进入神机营，借以掌握部队，朱载坖都予以准允了。

同时火器训练需要消耗大量的弹药，朱载坖也责成工部、兵部调拨给神机营，缺乏的甲胄等物，首接从内承运库调发，补足神机营和勇士营的差额。

为了激励士气，神机营参与防秋时，除了每月月粮一石半全发本色之外，增加一石本色行粮，银一两，当然神机营的训练也从每三日一操增加到五日西操，而且火铳、火炮等五日一次实弹射击，实施和戚家军一样的奖惩办法。