芳自然是要留守京师，处理日常政务的，经过商量，内阁李春芳、郭朴、殷士儋三人留守，高拱、陈以勤两位随驾，六部尚书中吏部尚书杨博和户部尚书马森随驾，其余各部派出侍郎一人随驾，都察院右都御史李开先随驾，翰林院朱载坖钦点了王锡爵、申时行、许国三人随驾。

同时朱载坖还委任总督京营戎政临淮侯李庭竹守备京师，与协理京营戎政兵部左侍郎汪道昆一道掌握京营，定国公徐延德为中军都督府左都督佥书中军都督府，在朱载坖巡幸时，日常事务由首辅李春芳与留守的内阁成员会商决定，辅佐太子朱翊釴监国。

锦衣卫指挥使朱希孝留守京师，宿卫宫禁，御马监掌印兼提督东厂冯保掌握剩余的御马监禁兵，兵符由皇后和皇太子掌握，同时练兵总理大臣兼提督蓟辽军务总兵官戚继光也要加强戒备，派出精骑与圣驾保持联系，除朱载坖手诏中旨之外，概不得受。