驾离京之后，由俞大猷暂代总督京营，马芳暂代京卫都指挥使，掌管留在京师的京营和亲军诸卫。

首辅高拱和内阁吕调阳留守京师，太子朱翊釴监国，负责处理日常政务，有军国大事，报朱载坖处理。

安排完了这些，朱载坖让李皇后准备南巡要准备的器物等，而大明官军在李如松和刘汉的率领下，也来到宽甸六堡，女真诸部也早就得到了总督蓟辽汪道昆的指令，王兀堂、王台、尼堪外兰等女真大酋长都率领自己的部众前来，与官军汇合之后，刘汉、李如松率领二万余官军和女真人的联军，沿着鸭绿江巡边，同时震慑朝鲜人。

官军的举动显然使得朝鲜极为惊讶，朝鲜沿边的平安、咸吉道朝鲜驻军紧密观察着官军的动向，而新上任的礼部左侍郎兼理藩院左侍郎署院事茅坤也走马上任。