衙门仅仅是一个临时机构，海关肯定是要设立一个朝廷正式机构加以管理的，但是怎么设立，职权范围多大，这些事情朱载坖还没有完全想好，海关并入户部是绝不可行的。

朱载坖召集内阁和六部重臣，商量有关海关的问题，海关的重要性自然是不言而喻的，现在海关关税己经是大明重要的财政来源，太仓赖以开支，所以户部认为，首接由户部管理海关是最为合适的。

兵部尚书汪道昆则认为，海关缉私，有大量业务都和兵部有关，户部能管，兵部也可以管啊，要知道现在提督海关大臣还兼着兵部左侍郎呢，所以汪道昆认为兵部也可以管海关，户部尚书刘体乾自然是不干的。

而朱载坖的想法则是设立专司予以管理，而且是和六部衙门平级的二品衙门。