攻城兵马，也分为三个梯队，做好了进攻的准备。一万余弓箭手，一万名大盾手，三万攻城突击手已经全部写下了血书遗嘱，做好了誓死攻城的准备。
上午巳时，城下的攻城尚未打响之时，位于秦淮河口的水军的进攻率先开始。按照常理而言，从长江经秦淮河口攻克水门攻入京城乃是捷径。一旦成功，战船可直接长驱直入进入内城，从而避免了必须要攻击外廓城墙和石头城等几座屯兵卫星城的麻烦。但是，这样的捷径显然也是对方防御的重点。即便是强悍如荆州水军，在战斗打响之后也很快意识到进攻的艰难。桓谦自已也没料到，他会在秦淮河口遭遇不亚于枞阳之战的惨败。