马曜欲振皇权，纵容司马道子行事。司马遵也因为和谢安过从甚密而遭到司马曜和司马道子的冷遇。特别是司马道子，对司马遵颇为不满。这种不满在父皇在世时常常拿司马遵和自已相比，认为自已不如他的时候便已经萌发了。
随后发生了一系列的事情，司马曜暴毙，王恭和西北起兵，司马道子大权独揽，独断专行。期间，司马遵上书数次，对朝政之事提出异议，更另司马道子甚为不满。只不过，司马遵并无恶行，司马道子也不想留下对宗室动手的恶名，毕竟他还需要宗室的支持。所以，他让司马遵担任了散骑常侍之职，表面上重用，其实任何重要的事务都不许他参与，不予实权。在最关键的西征的战事之中，尽管司马遵有公认的军事才能，他也主动请求领军作战，但是司马道子宁愿用司马尚之兄弟也不肯给司马遵机会。司马遵既恼火，却也无奈。如今的情形之下，司马道子手下已经没有可用之人。面临生死关头之时，司马道子终于想起了武陵王司马遵。他知道，在这种时候，若再不让司马遵这样的有军事才能的人领军作战，京城一旦告破，自已便死无葬身之地了。十余日前，当姑塾城告破，桓玄大军兵临城下之时，司马道子请来司马遵在王府之中设宴招待他。那天，司马道子推心置腹的说了一些话，他说，他知道司马遵心中有怒气和抱怨，对自已的行事也颇不认同。但是，那毕竟是宗室内部的矛盾。眼下大敌当前，自已决意请他领军御敌，为了大晋国祚，为了司马氏宗室的安危，双方当放下成见，合力御敌。至于其他的事情，待退敌之后再商议解决，自已一定会好好反思云云。司马遵接受了司马道子的邀请，同意领军作战。倒不是因为司马道子的态度，相信了他说的话，而是目前的情况确实危急，大晋社稷岌岌可危，自已绝不能坐视。更别说，当年桓温给父王罗织了一个谋逆的罪名，父王也因此而死。国仇家恨皆在，岂能无动于衷。至于司马道子的那些作为，眼下也不是计较的时候，先团结起来渡过危难才是正经。于是司马道子拜司马遵为大将军，授予他中领军之职，让他率领中军守城。司马遵从小受到父亲司马晞的耳濡目染，对领军之事颇有兴趣。司马晞被贬之后，两个哥哥司马综和司马?相继身亡，作为最小的儿子，也是唯一剩下的儿子，司马晞对他灌注了心血教养，教了他许多才能。眼下，正好可以学以致用。不过，初次领军作战，不免有些慌乱。面对敌军的大举进攻，司马遵昨日的表现并不出彩。对方在眼皮底下建造了工事，没能阻挡他们这么做，已经让司马遵感觉到压力巨大。晚间对方开始搭建护城河通道，这是一定要制止的。司马遵明白，一旦过河通道搭建完成，护城河的防护作用便荡然无存，对方的全面进攻便将开始。所以，在迟迟未能阻止对方的行动之后，司马遵静下心来沉思对策。“敌人的木排屏障颇为坚固，我方箭支不能对他们进行杀伤。床弩攒射也不能破，这便是根源所在。对方的弓箭手躲藏工事之中，对我城头兵马反有杀伤。若不能破此二者，则对我大大不利。如何能够破其屏障，毁其工事，此乃重中之重。”在思索许久之后，司马遵召集众将商议道。守城众将纷纷点头，这确实是问题所在。“本人深思之后，认为可用火攻之策。那些屏障终究是木制。火箭射上去会熄灭，那是因为火势不足。如果能够将对方屏障木排淋上火油，必能焚毁之。那些工事也是一样，若能以火油浇之，定可焚毁。”司马遵沉吟道。“大将军，若能做到这一点，则必可奏效。但是，如何以浇火油呢？除了用火箭之外，似乎别无他法。”将领们提出了疑问。司马遵点头道：“是啊，这才是关键之处。距离太远，无法投掷。火油精贵，数量不多，必须精准投掷方可。之前我想着以床弩弩箭悬挂火油皮囊射之，但天色太暗，恐无法精准投射。若胡乱行事而无功，则是浪费火油，徒然无功之举。所以，只剩下一个办法了，那便是人力奇袭，近处投掷。”众人愕然，有将领道：“那也太危险了。出去了，可就回不来了。开城门亦有风险啊，万一对方乘势攻入城门，岂不是大事不妙？”司马遵冷冷一笑道：“风险越大，收益越高。任其行事，城一破，我等皆死。况且，对方绝对不会料到我们敢开城门进攻。尔等怕死，我可不怕。我将亲率人手出城袭之。”众将连忙纷纷道：“不可，大将军怎可犯险，万万不可。” 司马遵摆手道：“我意已决，尔等坚守城墙，我率两千骑兵奇袭便可。”众将领急忙跪地磕头，纷纷阻止。一名将领大声道：“大将军奇谋，末将认为可行。