帝可能也有所了解，采取睁只眼，闭只眼的态度。年羹尧落马后，继续受命看管允禟的宗室楚宗、直隶总督李绂都发现了允禟、年羹尧之间有不少的往来书信，并将此事上奏雍正，示意要不要借此将二人定以同党之罪。雍正帝为此回复二人，这些书信的事他都知道，二人自有罪名，何必凭空拉扯在一起。

雍正帝将允禟交给年羹尧看管，本来是出于信任，年羹尧宽待允禟一事，如果发生在雍、年君臣交好之时，最多也只会造成皇帝的不满。而一旦君臣交恶，特别是交恶的形势明朗化之后，在即位合法性有瑕疵的雍正帝看来，年羹尧割据西北、手握大军、身边又挟有野心勃勃的反对派皇弟，甚至利用起了皇弟的政治、经济资源，那可就过于危险了，其局面简直可以与当年挟制着南明永历皇帝的吴三桂相提并论。想必每念及此，雍正帝都要不寒而栗、夜不能寐吧。

从雍正三年初“倒年运动”进入筹备阶段起，雍正帝对允禟的控制措施也越发严厉。他以允禟在西宁纵容家人生事为由，派遣都统楚宗赶到西宁对允禟进行约束，接替了年羹尧对允禟的监视工作，在他们二人之间树了一道防火墙，隔绝其联络。